一、以未出资或出资不足的股份出资
当股东以在公司登记时没有真实的注册资本做支撑的股份出资时，如果在签订出资协议的当时、新公司成立以前或公司经过一段时间的经营后，已通过其他方式补正了注册资本上的瑕疵，比如说由股东日后补交或者公司将未分配利润转为资本金等，这时，用以出资的股份就成为有真实的资产做支撑，完全应当认可该股份作为出资。当签订股权出资协议后，新公司已经成立了，而公司依旧未有真实的注册资本或者有一定的注册资本，但未达到公司法规定的取得法人资格必须具备的注册资本额时，也不能一概否定出资协议的效力。如果出资人对其他发起人不存在欺诈，其他发起人明知出资的股权没有真实资本的支撑并表态愿意接受此种股权作为公司的资本，则应肯定其效力，其他发起人的接受意味着他们愿意与出资人一起承担出资的填补责任。如果出资人故意隐瞒了事实，则应该对其他出资人承担违约责任。
当设立中公司接受没有真实资本的股份作为出资，股份出资人是否是虚假出资呢？如果在公司成立后，出资人或者其他发起人已对原公司承担了补缴责任，则股份属有真实资产做支撑，不属于虚假出资；反之，则应当由新公司成立时的其他股东与该股东一起承担对公司的资本充实责任。若造成债权人损害，按照最高人民法院发布的《关于审理公司纠纷案件若干问题的规定（一）》第十条的规定处理：“债权人可以同时对出资不足的股东和公司设立时的其他股东提起诉讼，请求其在出资不足数额及利息的范围内对公司债务承担补充赔偿责任。公司设立时的其他股东承担责任后，可以向出资不足的股东追偿。”
二、以转让权能存在瑕疵的股权出资
股权出资要求股东对所拥有的股权享有完全的所有权和自由转让的权利。在我国公司制度中，一般情况下股权以自由转让为原则，但也存在如股份有限公司的发起人转让、公司高级管理人在任职期间的股份转让、有限责任公司股东对外转让等一些法定限制，公司章程和当事人之间的合同也会做出对股权转让的限制。当股东以这些转让权能受限制的股权出资时，其效力如何认定呢？笔者认为，对于违反法律禁止性规定，即实体权利缺乏的情况下的股权出资，如出资人非出资股权的股东，构成无权处分。此时，因转让行为存在着不可补救的瑕疵，其出资当然无效。
对于程序性的瑕疵，比如有限公司股东对外转让股权未经股东会议决议，剥夺了其他股东的优先购买权，此时的效力如何呢？如果把程序上的瑕疵修正和补足了，是否还有效呢？程序瑕疵的这种补足可否认定为股权出资行为是处于效力待定的状态呢？如果允许以转让行为的效力处于待定状态的股权出资的话，那么出资者就必须在确定的日期之前使该转让行为有效的基础上进行出资，而作为其前提，股权转让人必须得到相关人员的追认。这一情况使出资履行可能与公司设立毫无关系的他人的意思相关联，其出资的性质，成为以接受他人的同意为条件的附停止条件的出资。公司的设立，尤其是股份公司的设立是一种集体性的行为，其关系是团体法上的法律关系，立法目的应以保护第三人的信赖、维护交易安全与秩序为准。因此，附加了他人意思相关联的股权出资行为，当发生股权出资不能的场合，不仅股权出资协议当事人之间，而且对其他出资者和与公司进行交易的第三人利益也会有损害。从制度的宗旨看，认定为效力待定是不合理的，应该认为程序瑕疵的股权出资也为无效。
三、以优先权行使存在争议的股权出资
有这样一个案例：某有限责任公司有A、B、C三股东。A股东持有公司股本的55％，为控股股东，B股东持股40％，C股东持股 5％。A股东欲将其持有的公司股本全部转让给他人。B股东要求在同等条件下，对其转让的部分股权即公司股本的15％行使优先购买权，达到持有公司股本的 55％，取得公司的控制权。A股东认为优先购买权不能部分行使，其受让人之所以同意受让股权，就是为了取得公司的控制权，如果B股东通过部分行使优先购买权，剩余的40％A股权，对方是不会接受转让的。A股东要求B股东或者放弃优先购买权，或者对全部股权行使优先购买权。B股东不同意，双方发生争议。如果转让的股权是用于出资，而且部分行使优先权的结果将使出资愿望落空，该如何协调股东出资和原股东的优先购买权？
笔者认为，应该承认原股东的优先购买部分股票权。因为有限责任公司的股权是可分物，法律允许对其分割、部分转让。出让的股东可以出让部分的股权，受让的股东也可以受让部分的股权，优先购买权也可以部分行使。从立法目的来看，有限责任公司具有资合和人合性两种性质，如果股东把股份转让给公司股东以外的第三人，很难保证新股东和原股东之间有很好的合作关系。我国公司法赋予有限责任公司股东优先购买权，就是为了维护公司内部关系的稳定，保护老股东的利益。如果要求股东必须全部实行优先购买权，理论界主流意见认为，这种方式是“捆绑转让”，是无效的。因此从平衡各方利益来看，有限责任公司的股权出资应该在保证原公司股东优先购买部分或者全部股权的基础上行使。
