透明度是特别清算相比于普通清算的一大优势，这一优势是通过特别清算程序中的外部监督和内部制约机制来实现的。
(一)人民法院的组织监督。特别清算的组织监督机关在日本和台湾地区的立法中规定为法院。我国在1999年修订的《公司法》中规定分别是主管机关和人民法院，但是《国家工商行政管理局关于公司被吊销后其清算工作组织实施问题的通知》强调，各地不负责企业法人的清算活动。在2005年修订的《公司法》中统一规定为人民法院指定有关人员组成进行清算。但是《外商投资企业清算办法》又规定特别清算的组织机关为外商投资企业的审批机关。最高人民法院《关于审理中外合资经营合同纠纷案件如何清算合资企业问题的批复》中也明确规定法院不应参与这类企业的清算事务，有关的清算事宜应由当事人依照有关规定进行。可以说这种条块分割的不仅效率低下，而且还造成了实践中各个部门推诿扯皮、执法不力的现实，为违法行为提供了可乘之机。因此，有必要对特别清算的组织监督机关给予明确和统一的规定。
笔者认为，我国的立法应当对外商投资企业和其他公司作统一规定，由人民法院作为特别清算的组织监督机关。原因之一，从专业知识和办案经验来看，无论相比于工商行政主管机关还是其他主管行政机关，抑或是对外商投资企业享有审批权的各级人民政府，人民法院都拥有绝对优势。原因之二，从职能范围来看，监督特别清算中的财产清理和债务活动正是司法机关的职责所在，并且人民法院在审理与债权人有关的其他案件的过程中所掌握的信息，也有利于清算程序的顺利进行。因此，人民法院组织特别清算，更符合效率要求。
至于人民法院在特别清算程序中的职责和权力，主要应当包括以下方面：一是依权利人的请求、依工商行政管理机关的建议或者依职权决定启动特别清算程序。二是依法决定清算组的组成，清算组成员除由具有执业资格的律师、注册会计师担任之外，还应由股东、债权人以及公司职工各选派代表担任。三是监督清算组的工作。经利害关系人的申请，法院可以直接介入清算实务，对具体的事实和法律问题进行调查和认定。四是对清算组制作的清算报告给予确认，从而赋予其法律效力。
